Fundada en 1876 por un grupo de catedráticos entre los que estaban Francisco Giner de los Ríos, Gumersindo de Azcárate, Teodoro Sainz Rueda y Nicolás Salmerón, separados ideológicamente de la Universidad Central de Madrid por defender la libertad de cátedra y negarse a ajustar sus enseñanzas a cualquier dogma oficial en materia religiosa, política o moral. Prosiguieron su labor educativa al margen del Estado creando un establecimiento educativo privado laico, que empezó en primer lugar por la enseñanza universitaria y después se extendió a la educación primaria y secundaria. A través de la ILE entraron en España las teorías pedagógicas y científicas más avanzadas del extranjero. Se crearon institutos asociados para investigar el pasado español, como el Centro de Estudios Históricos. Con la Guerra Civil, la Institución desapareció, sus fondos fueron confiscados y muchos de sus integrantes se exiliaron en países hispanoamericanos o europeos, a donde trasladaron su labor cultural. En 1978 se inició un proceso legal para recuperar el patrimonio de la Institución, gestionados por la Fundación Francisco Giner de los Ríos.