El rey Alfonso el Magnánimo concedió el 1446 el privilegio de impartir titulaciones de gramática, retórica, filosofía, teología, derecho y medicina en la ciudad de Gerona, lo que dio lugar a la creación del Estudio General (Estudi General). Las clases , sin embargo, no comenzaron oficialmente hasta 1572 debido a circunstancias derivadas de la guerra. En 1710, el archiduque Carlos concedió el título de «Real» a la Universidad. Las clases continuaron, con notable prestigio, hasta el 1717, año en el que la universidad fue clausurada —al igual que el resto de universidades catalanas a excepción de la recién creada Universidad de Cervera— como consecuencia del Decreto de Nueva Planta. A mediados del siglo XIX, durante la revolución liberal, el Ayuntamiento de Gerona creó la Universidad Libre de Gerona (Universitat Lliure de Girona), donde se impartían estudios de derecho y farmacia. La institución tuvo una corta vida, ya que sólo existió del 1869 al 1874, (5 años). En lo que respecta a la historia reciente, la Universidad de Gerona tiene sus orígenes en la "Escuela Normal de Maestros" y en diferentes iniciativas surgidas en los años 60 que pretendían volver a instaurar los estudios universitarios en la ciudad catalana. El 30 de diciembre de 1991 el Parlamento de Cataluña aprobó la ley 35/1991 de creación de la nueva Universidad de Gerona.