Patrocinada por el Estado Español mediante Real Cédula de 1783, la Expedición a Nueva Granada fue promovida por Mutis y apoyada por el virrey Antonio Caballero y Góngora. Tuvo su sede en el Observatorio Astronómico de Santa Fé y al Jardín Botánico de Madrid como institución de tutela. Debido, sin embargo, a la mala relación entre el entonces director del Jardín Botánico, Casimiro Gómez Ortega, y Celestino Mutis, el aprovisionamiento bibliográfico vino a través del cónsul Hans Jacob Gahn y los naturalistas suecos que éste conocía. El objetivo de la expedición era, en palabras de Mutis: "Recoger todas las plantas y cuerpos preciosos que produce el Nuevo Mundo con las que llenar el Real Jardín y el Gabinete comenzados a formar en el reinado anterior al de Buesa Majestad". Mutis convenció además al rey para la creación de una Escuela de Dibujo y Pintura en Nueva Granada y sus "ayudantes" fueron los encargados de los dibujos, pinturas y herbarios que han llegado hasta nosotros. Se utilizó el método de clasificación de Linneo, al que Mutis hizo partícipe mediante el envío contínuo de especímenes varios envíos al botánico sueco. Los materiales recogidos durante las tres décadas que dura la expedición no fueron conservados en Nueva Granada, para la enseñanza, como quería Celestino Mutis, sino que, debido a la situación política, fueron empaquetadoso de manera precipitada por el entonces detenido Sinforoso Mutis, sobrino de Celestino, y enviados a España a petición de Mariano Lagasca, director del Real Jardín Botánico en ese momento.