Estudió en las universidades de Franeker en Baja Sajonia y luego en Leiden (Países Bajos). Fue discípulo de Scaliger y Dousa y en 1605 fue nombrado profesor de historia y política de la Universidad de Leiden y más tarde bibliotecario de esta ciudad. Se ganó una gran fama de erudito por la que muchos países se lo rifaban, pero prefirió quedarse en su patria, quien lo recompensó nombrándolo historiógrafo oficial. Como gran calvinista que era, fue secretario del Sínodo de Dordrecht. Daniel Heinsius comentó numerosas obras griegas y latinas. Y escribió poemas y otras obras en neerlandés, latín y griego clásico. Su conocimiento de las lenguas clásicas le permitió ser profesor de Latín y Griego desde 1602. Consiguió diversos nombramientos honoríficos como el de caballero de la Orden de San Marcos.