Creado en 1755 por orden de Fernando VI, es una institución dedicada a la investigación, educación y conservación botánicas. Su creación se enmarca en la fundación de la non nata Academia de Ciencias que se había encargado al boticario José Ortega, y quien propuso al rey a José Quer como director del nuevo Jardín por su trayectoria. El Real Jardín Botánico fue instalado en la Huerta de Migas Calientes, a orillas del río Manzanares (Madrid) y fue trasladado a su emplazamiento actual entre 1774 y 1781, año en que se inauguró. Este nuevo proyecto estuvo a cargo de Sabatini y Juan de Villanueva. Las plantas se ordenaron entonces siguiendo el método de Linneo y se construyeron, entre otros, el llamado Pabellón Villanueva, un invernáculo donde impartió su cátedra Antonio José Cavanilles. El archivo del Jardín conserva fondos de numerosas expediciones científicas de los siglos XVIII y XIX: Expedición de Límites al Orinoco, Real Expedición Botánica al Nuevo Reino de Granada, Expedición Botánica al Virreinato del Perú, Real Expedición Botánica a Nueva España, Expedición Malaspina, Real Comisión de Guantánamo y Comisión Científica del Pacífico.