Fue fundada en 1810 con el nombre de la Universidad de Berlín (Universität zu Berlin) por el liberal prusiano Wilhelm von Humboldt. En 1828 esta universidad recibió el nombre de Universidad Friedrich-Wilhelm (Friedrich-Wilhelms-Universität) y más tarde fue conocida como "Universität unter den Linden". Por último, en 1949 se cambió su nombre a "Humboldt-Universität zu Berlin" (Universidad Humboldt de Berlín) en honor a su fundador. Por esta universidad han pasado muchos de los grandes intelectuales y científicos alemanes de los dos últimos siglos como Albert Einstein o Karl Marx.