Estudió cirugía y medicina en la Universidad de Zaragoza. Ejerció toda su vida en Zaragoza. Su obra más importante es De morbis endemiis Caesar-Augustae (1686), que constituye la primera topografía médica de la era moderna en España. Estas topografías tenían como fundamento el estudio del ambiente en una zona para explicar las enfermedades dominantes. Se inserta en la línea del pensamiento hipocrático del tratado Sobre los aires, las aguas y los lugares y describe el ambiente en Zaragoza, su clima, su geografía física, así como las costumbres de sus habitantes Fue un experimentado anatomista práctico partidario de la circulación de la sangre, aunque López Piñero lo considera un galenista moderado, receptivo a algunas innovaciones, pero reacio a aceptar las que no confirma en su experiencia y que chocan con el pensamiento galénico como la iatroquímica. De hecho, mantuvo una fuerte disputa con su maestro José Lucas Casalete, defendido por Francisco de Elcarte, en torno a la práctica de las sangrías que se extendió a otros temas como la circulación de la sangre.
Resumen biográfico extraído de Wikipedia en español: <blockquote>"Nicolás Francisco San Juan y Domingo (Bádenas, hacia 1640 - después de 1687) fue un médico español. Se formó en la Universidad de Zaragoza, como discípulo, entre otros, de José Lucas Casalete, y ejerció la medicina en Zaragoza desde 1663. Escribió una de las primeras topografías médicas, género de gran importancia en la posterior Ilustración española. Se le relaciona con el movimiento de los novatores, aunque su posición es moderada, intermedia entre ellos y los conservadores, en la línea de Tomás Longás. Aceptaba tanto los principios galénicos como la teoría de la circulación de la sangre de William Harvey y la perspiratio insensibilis de Santorio Santorio, y mantenía una postura ambivalente frente a la iatroquímica). Desde el solidismo, defiende el uso de las sangrías. Entre sus críticos estuvo Francisco de Elcarte, continuador de las teorías de Casalete."</blockquote>