Nacido como Juan Martínez Guijarro, en el seno de una familia humilde, se formó en latín, diálectica, lógica y quizás en matemáticas en la universidad de París, donde llegó a ser profesor. Más tarde volvió a Españañ y ejerció la cátedra de Lógica nomilastia y de Filosofía natural en Salamanca. En 1534 fue nombrado preceptor del príncipe Felipe; en 1541, obispo de Cartagena y en 1545 arzobispo de Toledo. Entre sus obras destacan el Libro de Aritmética práctica (1513), la Lógica brevis (1524) y Ars Arithmetica in Theoricem et Praxim scissa: omni hominum conditioni superque utilis et necessaria (1518). En la edición parisina de esta de 1526 aparece ya el nombre Ioannis Martini Silicei, como se le conocerá más adelante, "cardenal silíceo" o Juan Martínez Silíceo.