Fundada el 6 de agosto de 1938 por un grupo de 35 distinguidos científicos peruanos, originalmente con el nombre “Academia Nacional de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales de Lima”, para promocionar la investigación científica y la difusión del conocimiento científico. La mayoría de los miembros procedían de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la Escuela de Ingenieros y la Escuela de Agricultura, entre ellos profesores europeos de reconocimiento internacional que habían sido perseguidos antes de la Segunda Guerra Mundial. La Academia se dividió en 7 secciones: Ciencias Exactas, Ciencias Físicas, Ciencias Químicas, Biología, Arqueología y Antropología, y Botánica. En 1939 fue reconocida por el Gobierno del Perú por un Decreto Supremo y en 1966, con otro Decreto Supremo, cambió el nombre a “Academia Nacional de Ciencias”.