El rey Pedro IV de Aragón fundó la Universidad en 1349. Era la segunda que se establecía en la Corona de Aragón, tras la Universidad de Lérida (1300). Se planteó su estructura de una forma similar a las más importantes universidades medievales (unas veinticinco por entonces), con facultades de medicina, derecho, teología y artes liberales; pero nunca llegó a igualar el prestigio de las más cercanas a su entorno (las universidades de Montpellier, Toulouse y Lérida). Entre 1760 y 1763 se reconstruyeron los edificios de la Universidad, que amenazaban ruina. Tras la Revolución francesa, la Universidad cesó de funcionar (1794). La actual universidad se inauguró en 1971 como centre universitaire ("centro universitario") y en 1979 fue dotada de autonomía financiera, administrativa y pedagógica, regida por un consejo de administración y un presidente elegido por éste.